自动化工程系是学校主动对接“中国制造2025”战略，深度把握信息化与工业化融合发展的理念，大力实施智能装备与工业机器人等智能制造领域紧缺人才培养的主干系。自动化工程系主要开设有机电一体化技术、电气自动化技术、工业机器人技术等专业，其中机电一体化技术专业是教育部和中国机械工业联合会共同确定的国家级示范专业和福建省产教融合示范专业。自动化工程系是教育部确定的国家级工业机器人应用技术人才培养中心；自动化工程系智能制造专业群为省级服务产业特色专业群，也是福建省示范性现代职业院校项目重点建设的四个专业群之一。自动化工程系现有教授2人、副教授8人、省级教学名师2人、高校杰出青年科研人才1人、具有博士和硕士学位11人。
机电一体化技术实训基地为省级实训基地，电气自动化技术实训基地为省级职业教育内涵建设基地。实训基地先后与美国通用电气GE公司、富士康科技集团、德国西门子、无锡信捷电气、ABB机器人、新时达机器人等国内外知名企业合作，共建各类先进的智能制造装备与系统实训室。基地设备软硬件总值1800多万元，实训场地1500多平方米。学校获批教育部工业机器人领域职业教育合作项目，与华航唯实、ABB机器人、新时达机器人等国内外知名机器人公司合作，共同打造极具特色的工业机器人实训基地和人才培养中心，建成全国百所工业机器人应用人才培养示范校之一。
自动化工程系积极开展工学结合、校企合作的人才培养模式改革与创新，与福建骏鹏公司、富士康科技集团、厦门航空、太古飞机、福州地铁、信捷电气、星网锐捷等30多家企业合作开展人才培养。校企“合作培养、合作育人、合作就业”取得了显著的效果，实现了学校、企业、学生和社会的多赢。自动化专业群获福建省和全国机械行指委现代学徒制试点项目建设；工学结合、校企合作专业群建设项目“自动化专业群内涵式发展路径的创新与实践”获2017年福建省教学成果二等奖。
自动化工程系学生在全国和全省职业院校技能大赛上累计获得“工业机器人与智能视觉系统”“机器人技术及应用”等赛项全国一等奖1项、全国二奖2项、全国三等奖1项、省一等奖7项等优异成绩。近几年来，毕业生就业率均为100%，就业专业对口率在93%以上，就业收入在福建省同类专业中名列前茅。
